Le site de Dougga était occupé à l’époque médiévale, comme l’atteste la découverte de nombreux fragment de céramique, la présence d’un petit établissement thermal (hammam), daté de l’époque aghlabide, situé au pied du mur sud de la forteresse byzantine (toujours visible de nos jours) et aussi l’existence de la petite mosquée sise sur le soubassement du temple romain de la Fortune.
La vie d’une modeste bourgade se prolongea ensuite pendant des siècles. L’emplacement d’un village installé au cœur de la ville antique a subsisté jusqu’au 1960.
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