Qu’une agglomération de quelque importance ait été maintenue à l’époque vandale (439-533 après J.C.) est attesté par la décision que prit en 534, lors de la reconquête, l’empereur de Byzance Justinien, d’y construire une forteresse.
Cependant, bien qu’il soit probable qu’au temps de sa splendeur Thugga ait été un évêché, représenté dès 256 après J.C. au concile de Carthage, la discrétion de l’Église locale est aussi patente dans les textes que dans les monuments chrétiens qui ne sont représentés jusqu’ici que par la très modeste église de Victoria, basilique funéraire, que l’on a coutume de dater de la fin du IVéme ou du Véme siècle.
Les seuls autres vestiges pour la période du VIéme siècle au VIIIéme siècle sont le grand tombeau collectif connu sous le nom d’ « hypogée chrétien », des sarcophages épars et de rares inscriptions.
C’était pourtant alors une ville importante au moins par son étendue, à preuve la grande enceinte tardive qui enfermait 15 à 16 ha, soit les trois quarts de la surface antérieure agglomérée. On ignore tout de l’organisation, de la densité de l’habitat, de la durée de cette ville fortifiée.
Plan schématique des vestiges de l'Antiquité Tardive
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